Từ cuối thế kỷ 16, Nhật Bản thực hiện chính sách gọi là “Chu Ấn Trạng” (Shuinjo – 朱印状). Đây một loại giấy thông hành có đóng con dấu màu đỏ, cho phép các con tàu của Nhật Bản giao thương với các nước khác. Những con thuyền được cấp con dấu này được gọi là “Chu Ấn Thuyền” (Shuinsen – 朱印船). Từ đó, hình thức giao thương bằng các Chu Ấn Thuyền (Shuinsen Boeki – 朱印船貿易) ngày càng trở nên phổ biến. Ban đầu, có khá nhiều cảng ở Nhật Bản là cứ điểm của các chuyến buôn bán này, tuy nhiên vào thế kỷ 17, mọi hoạt động chính yếu chỉ còn đổ dồn về cảng Nagasaki. Các thương nhân Nhật Bản khởi hành từ Nagasaki và tỏa ra khắp các nước Đông Nam Á. Tại đây, họ buôn bán, trao đổi hàng hóa với người dân địa phương và dần dần hình thành nên các khu phố Nhật Bản ở những nơi này.

Và Hội An – đương thời được cai quản bởi Chúa Nguyễn – cũng là một trong những “khu phố Nhật” thời bấy giờ. Tương truyền vào thời kỳ cực thịnh, có khoảng trên 1.000 cư dân Nhật Bản sinh sống tại đây. Trong số các thương nhân Nhật Bản đến Hội An khi ấy có ông Sotaro Araki, vốn được Chúa Thượng Nguyễn Phúc Nguyên trọng dụng và đã được ngài gả con gái nuôi là Công nữ Ngọc Hoa cho ông vào năm 1619. Ông cùng vợ trở về Nagasaki trong một lễ rước dâu xa hoa và lộng lẫy đến mức cho đến ngày nay, người ta vẫn tái hiện khung cảnh ấy khi múa điệu rước lễ trong lễ hội truyền thống địa phương có tên gọi “Nagasaki Kunchi”. Người dân ở Nagasaki gọi Công nữ Ngọc Hoa bằng cái tên trìu mến “Anio-san”. Lí do là khi mọi người nghe thấy tiếng cô gái gọi chồng “Anh ơi”, đã nghe ra thành “Anio”. Sau khi qua đời, Sotaro Araki và Công Nữ Ngọc Hoa được chôn cất tại chùa Daionji ở thành phố Nagasaki. Mộ phần của đôi vợ chồng Việt – Nhật đã được chính quyền thành phố Nagasaki chỉ định là Di tích lịch sử và được bảo tồn cẩn thận cho đến ngày nay. Tại lễ hội truyền thống Nagasaki kunchi được tổ chức vào tháng 10 hằng năm, cứ 7 năm 1 lần, những em bé đóng vai Sotaro Araki và nàng Anio sẽ ngồi trên chiếc thuyền Shuinsen và tham gia vào các lễ rước.

Ngày 25/6/2014, sự kiện mang tên “Vietnam day in Nagasaki”đã được tổ chức tại thành phố Nagasaki. Nhằm thúc đẩy các hoạt động đầu tư và kinh doanh giữa 2 nước, đại sứ Việt Nam tại Nhật Bản Đoàn Xuân Hưng đã đến tham dự. Nội dung sự kiện gồm có hội thảo về nền kinh tế và đầu tư của Việt Nam, triển lãm các sản phẩm của các doanh nghiệp Việt, tiết mục ca múa nhạc truyền thống của các du học sinh Việt Nam tại Nhật Bản. “Vietnam day in Nagasaki” bày tỏ mong muốn tiếp tục thắt chặt mối giao hảo vốn đã có từ lâu đời giữa Việt Nam và Nagasaki.